Het Migrainefonds richt zich primair op geldinzameling voor wetenschappelijk onderzoek naar migraine. Verder wil het fonds projecten mogelijk maken die de kwaliteit van leven verbetert voor mensen met ernstige vormen van hoofdpijn. Het fonds is een onafhankelijke stichting en opgericht door de patiëntenvereniging Hoofdpijnnet. Het heeft een ANBI status. In 2018 en 2019 is het coalitiepartner van de campagne 'Maak van migraine een hoofdzaak, samen met WomenInc, de hoofdpijncentra en de NHV (vereniging van specialisten op het gebied vna hoofdpijn).